משק המים הישראלי עובר מהפך בשנים האחרונות כתוצאה ממצוקת מקורות מים והתייבשות מקורות המים עקב שנות בצורת רבות. ככל שענף זה מתפתח יש צורך באנשי מקצוע מיומנים שישתלבו במגוון משרות ויאיישו תפקידי מפתח בניהול נכון של משק המים, פיתוח טכנולוגיות חדשות וניהול וניצול נכון של משאב המים במגזר החקלאי, התעשייתי, הציבורי והפרטי. לימודי הנדסאי מים נועדו להכשיר את דור העתיד שיעמוד בנטל המשימה ויביא לפתרונות במשק המים הבעייתי. במהלך הלימודים רוכשים הסטודנטים ידע מעמיק בנושאי טכנולוגיות לשימור איכות המים, ניצול משאבים, התפלה, סינון ועוד. במהלך הלימודים יוצאים התלמידים לסיורים וכן לומדים במעבדות שונות. ניתן ללמוד בלימודי בוקר האורכים כשנתיים או ללמוד בלימודי ערב המתפרסים על פני שלוש שנים.
במהלך לימודי הנדסאי מים על הסטודנט להרחיב ידיעותיו במדעים מדויקים כמו במתמטיקה, פיזיקה וכימיה. כמו כן לומדים אנגלית טכנית על מנת שהסטודנט יוכל להתמודד עם מידע רב המופיע בשפה האנגלית. מעבר לכך לומד הסטודנט נושאים מתחומים רבים ומגוונים בהם ניתן למצוא קורסים כמו טכנולוגיות טיפול במי שפכים, טכנולוגיות לטיהור מי תהום, טיהור מים והשבתם לשימוש חקלאי או תעשייתי, דרכי השבחת מים, ניהול משק מים נכון, ניצול משאבים, השקיה, שימוש מושכל במים לתעשייה, טכנולוגיות מתקדמות לטיפול בבעיית המים, אוטומציה, בקרת איכות, שיקום קרקע מזוהמת, שיקום נחלים ועוד. במהלך הלימודים מתקיימים סיורים שונים וכן יש מעבדות במכללה וביקור במעבדות חיצוניות. ניתן להירשם למסלול לימודי הנדסאי מים לכל מי שיש ברשותו תעודת בגרות מלאה וציונים סבירים ברמה של לפחות 3 יחידות לימוד במתמטיקה ואנגלית. ניתן להגיע ללימודים לאחר שנה של מכינה קדם הנדסאית או מכינה אקדמית.
סטודנטים המסיימים לימודי הנדסאי מים בהצלחה לאחר שסיימו בהצלחה בחינות גמר והגשת עבודת גמר מקבלים תעודת הנדסאי מים מטעם המכללה וכן דיפולמה מטעם מה"ט.
בוגרי קורס הנדסאי מים יכולים להשתלב בעבודות במגזר הפרטי או הציבורי בחברות הפועלות בתחום משק המים, התפלה, פיתוח טכנולוגיות ועוד. כמו כן ניתן להשתלב בעבודות מטעם ארגוני איכות הסביבה וארגונים ירוקים.